微生物肥料的作用机理与化学肥料根本不同。能够提供微生物群落的单一微生物肥料或特定的微生物接种肥料；一种能够提供两种或多种微生物群落的复合微生物接种肥料。根据微生物的作用，微生物剂可分为固氮菌剂，磷分解菌剂，钾分解菌剂和腐解细菌。这些微生物剂可以选择性地为农业生产服务。作用微生物肥料的作用主要是提供有益于作物生长的微生物群落，而不是营养物质。将这些有益微生物应用于土壤时，它们会产生多种作用。