农业微生物制剂是指通过工业化生产扩大和繁殖目标微生物的有益菌而制备的活菌制剂，具有直接或间接改良土壤，恢复地面力，维持根际微生物平衡的功能。 ，降解有毒有害物质; 
通过其中所含微生物的生命活动，增加植物营养供给或促进植物生长，提高农产品质量和农业生态环境，应用于农业生产。 
微生物肥料包括复合微生物肥料和生物有机肥料，复合微生物肥料是指通过工业化生产后将目标微生物与营养物质混合而得到的活微生物产品;生物有机肥是指工业生产繁殖后主要迁移的主要微生物。 
牲畜和家禽粪便，农作物秸秆等植物残留物是源自无害化处理的有机物质的活细菌产品。 
微生物制剂和细菌肥料的最大区别在于产品中营养素和有机物质的含量。在使用中，有必要结合实际需要选择合适的产品。